Baltijas Reformātu teoloģijas temināra mācību programma un lekciju plāns tiek veidots saskaņā ar semināra izvirzītajām vērtībām un mērķi. Galvenais uzsvars tiek likts uz Bībeles mācīšanu, kas tiek papildināta ar dažādiem praktiskiem kursiem. Ikviens semināra students iegūst padziļinātu izpratni par Svēto Rakstu skaidrošanu, kristīgās ticības aizstāvēšanu, sistemātiskās un praktiskās teoloģijas jautājumiem, kā arī par kristīgās Baznīcas vēsturi.

Šobrīd BRTS piedāvā vakara maiņas apmācību, kas pēc satura atbilst tipiskam ASV semināru teoloģijas maģistra grādam. Mācību ilgums ir 3 gadi, mācības norit vakaros, no 18:00–21:00. Viens viespasniedzēja docēts kurss aizņem 5-10 darba dienas, mācību intensitāte ir apmēram 1 kurss mēnesī. Kursu starplaikos studenti apgūst uzdoto literatūru un veic rakstu darbus.