Baltijas Reformātu teoloģijas seminārs balstās uz sekojošām vērtībām:

• Vienīgi Trīsvienīgais Tēvs, Dēls un Svētais Gars ir cienīgs saņemt visu godu un slavu. Tādēļ ikvienai cilvēku darbībai vajadzētu būt vērstai uz šī mērķa sasniegšanu.
• Svētie Raksti ir Dieva iedvesmotais vārds, kas nekļūdīgi ir nodots cauri gadsimtiem un ir vienīgā autoritāte ikvienā jautājumā.
• Reformātu mācības formulējums ir atrodams Vestminsteres Standartos (Ticības apliecība, Lielais katehisms un Mazais katehisms) un Haidelbergas katehismā. Šie ticības formulējumi ir balstīti Svētajos Rakstos. BRTS valde un pasniedzēji pilnībā pieturas pie šiem mācības formulējumiem.
• Draudzes svarīgākais uzdevums ir “iet un darīt par mācekļiem visas tautas”. BRTS gatavo mācītājus un kalpotājus, kuri saprot apkārt esošo kultūru un ilgojas pielietot Svēto Rakstu patiesības, lai mainītu pasauli, kurā Dievs tos ir ielicis.
• Ir tikai viena Kristus miesa un viens Gars, tādēļ visiem ticīgajiem savā starpā ir jācenšas būt Garā vienotiem un drošiem evaņģēlija vēsts sludinātājiem.